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Piräus Witten

Review of: Piräus Witten

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5
On 03.12.2020
Last modified:03.12.2020

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It combines information extracted from scientific literature and biocurator -evaluated computational analysis. Annotation is regularly reviewed to keep up with current scientific findings.

The manual annotation of an entry involves detailed analysis of the protein sequence and of the scientific literature. Sequences from the same gene and the same species are merged into the same database entry.

Differences between sequences are identified, and their cause documented for example alternative splicing , natural variation , incorrect initiation sites, incorrect exon boundaries, frameshifts , unidentified conflicts.

Computer-predictions are manually evaluated, and relevant results selected for inclusion in the entry. These predictions include post-translational modifications, transmembrane domains and topology , signal peptides , domain identification, and protein family classification.

Relevant publications are identified by searching databases such as PubMed. The full text of each paper is read, and information is extracted and added to the entry.

Annotation arising from the scientific literature includes, but is not limited to: [10] [14] [15]. When new data becomes available, entries are updated.

UniProt Archive UniParc is a comprehensive and non-redundant database, which contains all the protein sequences from the main, publicly available protein sequence databases.

In order to avoid redundancy, UniParc stores each unique sequence only once. Identical sequences are merged, regardless of whether they are from the same or different species.

Each sequence is given a stable and unique identifier UPI , making it possible to identify the same protein from different source databases. UniParc contains only protein sequences, with no annotation.

Database cross-references in UniParc entries allow further information about the protein to be retrieved from the source databases. When sequences in the source databases change, these changes are tracked by UniParc and history of all changes is archived.

The UniProt Reference Clusters UniRef consist of three databases of clustered sets of protein sequences from UniProtKB and selected UniParc records.

The sequence of a representative protein, the accession numbers of all the merged entries and links to the corresponding UniProtKB and UniParc records are displayed.

UniRef sequences are clustered using the CD-HIT algorithm to build UniRef90 and UniRef Clustering sequences significantly reduces database size, enabling faster sequence searches.

UniRef is available from the UniProt FTP site. UniProt is funded by grants from the National Human Genome Research Institute , the National Institutes of Health NIH , the European Commission , the Swiss Federal Government through the Federal Office of Education and Science, NCI-caBIG , and the US Department of Defense.

From Wikipedia, the free encyclopedia. Database of protein sequences and functional information. January Nucleic Acids Research.

Atlas of protein sequence and structure. Silver Spring, Md: National Biomedical Research Foundation. National Human Genome Research Institute NHGRI.

Retrieved 14 April Briefings in Bioinformatics. Amos Bairoch ". Current Opinion in Chemical Biology.

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1 Kommentare zu „PirГ¤us Witten“

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